稳定集中的办学地点对一所学校来说是至关重要的，由于时局动荡，这对黄埔三分校来说却是一种奢望。成立之初，黄埔三分校本部位于瑞金水背街万寿宫，学员总队部设于县城上阳村杨家祠，学生总队部分别设于武阳乡武阳围、黄安乡黄安圩，入伍生第一团设于会昌县西江圩。1941年2月，为加强位于第三战区司令长官部驻地（当时在上饶）外围警戒，方便教学器材及军需用品的供应，便于学校管理，黄埔三分校迁往上饶广丰沙田、廿四都、七都等地。1942年6月，日军进攻浙赣沿线，上饶一度沦陷，三分校随长官部转迁福建建阳。1943年2月，迁往会昌，不久又奉命迁回瑞金，直至裁撤。六年间，数千名黄埔三分校师生饱受迁徙之苦，辗转两省四地，其中办学艰辛可想而知。

作为分校，黄埔三分校沿袭了黄埔军校办学宗旨、理念和思想，在学校建制上也进行了参照，设有校本部办公处、政治部、教育处、总务处、经理室、军医处、会计室、学员总队等，校本部办公处统管全校日常工作等事宜，主任由中将担任，政治部、教育处分别负责全校政治工作、军事技术训练等工作，长官为少将军衔，其他部门长官为校级军官。黄埔三分校以教育训练正期学生为主，召集补训部队中、下级干部为辅。学生全期教育一般为三年，学员召训教育期一般为六至八个月。受训内容坚持政治与军事并重，理论与实践结合，有总理遗教、三民主义、步兵操典、射击教范、常识、外语、音乐、体育等课程，达数十门之多。每天安排要三操四讲，早中晚各教练两个小时，上下午各两节军事课、政治课。每天晚上要自习、站岗放哨各两小时，有时晚上还要夜行军拉练。受训生活可谓丰富多彩、生动活泼而又严肃紧张。1945年11月，黄埔三分校奉命裁撤，办学期间共举办5期，毕业学生7430人、学员5961名。

编辑：李孟玲  张晴烨（实习生）审核：温小强